Справившись с Боузером и вернув спокойствие в Бруклин, Марио думал, что трудности позади. Однако вскоре выяснилось, что Варио и Боузер-младший объединили усилия, вынашивая новые угрозы. Их целью стало ни много ни мало — подчинить себе весь мир. Теперь Марио не может расслабляться. Ему предстоит снова собрать верных товарищей и присоединиться к Йоши, чтобы остановить опасный союз. Вместе они попытаются разрушить коварные замыслы врагов и не дать им осуществить глобальный захват.